Molecular dynamics simulation of 7,8-dihydro-8-oxoguanine DNA by FMM and MTS method

FMMとMTS法による7,8-dihydro-8-oxoguanine DNAの分子動力学シミュレーション

核酸などの強い静電相互作用を持つ生体高分子の分子動力学には、高速かつ高精度なアルゴリズムが不可欠である。今回、静電相互作用を能率的に取り扱いながら時間ステップを増大するため、高速多重極子展開法(FMM)とマルチ時間ステップ法(MTS)を併用するアルゴリズムを構築した。FMMは計算領域をツリー階層的なセルに分割し、静電相互作用を高速かつ高精度に計算する。なお、このFMMは空間分割法で並列化された。MTSではLiouville演算子の高次展開法を用いてFMMにおけるセルの階層に適用できるようにした。この手法を用いて7,8-dihydro-8-oxoguanine(8-oxoG)を含む8-oxoG DNAの分子動力学を実行した。その結果、8-oxoG付近で主鎖角-がB $_{II}$ 構造,グリコシド結合角がhigh-構造,が異常に低い構造をとることがわかった。また、主成分解析により8-oxoG付近の水和構造の変化が8-oxoG DNAの構造遷移のきっかけとして働いていることがわかった。

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使用言語	:	English
掲載資料名	:	Proceedings of the International Conference on Bioinformatics 2002 (CD-ROM)
巻	:
号	:
ページ数	:	6 Pages
発行年月	:	2002/02
発表会議名	:	International Conference on Bioinformatics 2002
開催年月	:	2002/02
開催都市	:	Bangkok
開催国	:	Thailand
キーワード	:	分子動力学; FMM; MTS; 並列計算; DNA; 7,8-dihydro-8-oxoguanine; DNA局所構造; 主成分解析

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登録番号 : B20011442
抄録集掲載番号 : 300599
論文投稿番号 : 19130

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