Molecular dynamics simulation of 7,8-dihydro-8-oxoguanine DNA

7,8-dihydro-8-oxoguanine DNAの分子動力学シミュレーション

DNAのグアニン酸化損傷の影響を調べるために、正常なDNAであるd(CGCGAATTCGCG) $_{2}$ とその酸化的損傷DNAであるd(CGCG $^{*}$ AATTCGCG)(CGCGAATTCGCG),(G $^{*}$ :7,8-dihydro-8-oxoguanine(8-oxoG)の分子動力学シミュレーションを1ナノ秒間、実行した。これは静電相互作用を効率的かつ高精度に計算する高速多重極子展開法(FMM)を用いた高精度シミュレーションである。シミュレーションの結果、8-oxoG付近で正常DNAには見られない新しい水素結合が生成されるのが見つかり、そしてこれが損傷DNAの構造を安定化させていることがわかった。また主鎖角がB $_{II}$ 構造,グリコシド結合角がhigh-構造,ヘリカルTwistが緩んだ構造をとることもわかった。更に、主成分解析により8-oxoG付近の水和状態の変化が損傷DNAの構造遷移のきっかけとして働いていることが示唆された。以上により、損傷DNA修復酵素は正常DNAと損傷DNAの静的構造及び動的構造の違いを認識していると考えられる。

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使用言語	:	English
掲載資料名	:	Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
巻	:	19
号	:	5
ページ数	:	p.839 - 851
発行年月	:	2002/05
発表会議名	:
開催年月	:
開催都市	:
開催国	:
キーワード	:	分子動力学; 8-oxoguanine; FMM; 主成分解析; 水素結合; 修復酵素; DNA

特許データ	:
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論文URL	:	https://doi.org/10.1080/07391102.2002.10506788
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Access	:	- Accesses
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InCites™	:	パーセンタイル：26.31 分野：Biochemistry & Molecular Biology
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登録番号 : A20010590
抄録集掲載番号 : 300964
論文投稿番号 : 19410

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