ヌクレオソームコアパーテクルの自由エネルギープロファイル計算

Free energy profile calculation of nucleosome core particles

金枝 直子; 河野 秀俊

Kanaeda, Naoko; Kono, Hidetoshi

酵母や線虫,ヒトのゲノムにおいて、クロマチンの基本構造であるヌクレオソームコアの位置が実験的に明らかにされつつある。ヌクレオソームの位置は、永久的なものではなく、適宜位置を変えながら遺伝子の発現制御に深くかかわっている。さらに、ヒストンタンパク質の化学修飾,標準ヒストンとバリアントとの入れ替わり、DNA自体のメチル化などと細胞状態や細胞分化との関係を示唆するデータが蓄積されてきている。われわれは、計算機シミュレーションにより、ヒストンの修飾やバリアントによる自由エネルギーの変化を求めることによって、ヌクレオソームコア形成の分子機構を明らかにしたいと考えている。そのため、非平衡系のシミュレーションを行い、ヒストンからDNAが剥がれるために必要な仕事量やヒストンの各部位とDNAの相互作用エネルギーを求めることで、ヒストン修飾などの意味を分子論的に明らかにしていきたい。また、平衡系のシミュレーションから得た塩基配列と動特性や水和との関係,その動特性や水和とヌクレオソーム形成能の関係について調べている。これらについて、これまで得られたデータを紹介する。

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