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Cs$$^{+}$$イオン-タンパク質系の古典分子動力学計算

Molecular dynamics simulation of Cs$$^{+}$$ - protein system

櫻庭 俊

Sakuraba, Shun

福島第一原子力発電所の事故以降、環境中に放出された放射性降下物が問題となっている。中でも放射性セシウム($$^{137}$$Cs)の分布とその生物学的な濃縮は国内で大きな関心を呼んでいる。Cs$$^{+}$$イオンの生化学的な挙動、たとえばタンパク質との結合の挙動などをシミュレーションから調査するためには、またセシウム吸着高分子の設計などを行うためには、溶液中・タンパク質近傍のCs$$^{+}$$イオンの挙動を忠実に再現する、適切な力場を用意する必要がある。本発表では、現在知られているタンパク質用の古典動力学用の力場と互換性のあるCs$$^+$$イオン力場に対するベンチマークを行った結果を報告する。また、国内外の研究では、Cs$$^{+}$$イオン-$$pi$$電子相互作用がCs$$^{+}$$イオン-タンパク質の相互作用に重要であることが指摘されている。本研究では、上記のベンチマークに合わせて、Cs$$^{+}$$イオン-$$pi$$電子相互作用を既存パラメータに対し補整項として導入することを試み、結果を報告する。

In the present research we report the benchmark of Cs$$^{+}$$-ion parameters used in molecular dynamics (MD) simulation. We also suggest possible improvements to it by adding the cation-$$pi$$ interaction as an extra Lennard-Jones parameter.

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