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Adaptive Lambda Square Dynamics法によるH3ヒストンテールの構造探索シミュレーション

Conformational sampling simulation of an H3 histone tail by Adaptive Lambda Square Dynamics method

池部 仁善; 櫻庭 俊; 河野 秀俊

Ikebe, Kimiyoshi; Sakuraba, Shun; Kono, Hidetoshi

真核生物のDNAはクロマチン構造を形成することで核内にコンパクトに収納されているが、DNA機能発現の際にはこの構造は一時的に解きほぐされる。この構造の解体と再形成のメカニズムはDNA機能制御において重要であり、クロマチンを構成する要素の一つであるヒストンテールへの化学修飾によりコントロールされることが知られている。しかし天然変性蛋白領域(Intrinsically Disordered Region: IDR)であるテールの構造を実験的に調査することは難しく、これまでそのメカニズムの詳細は明らかとなっていなかった。このメカニズムを解明するための第一段階として、我々はまず化学修飾なしのテールの状態を明らかにすべく、全原子モデルを用いたシミュレーションを行っている。我々は当初、partial McMDと呼ばれるシミュレーション手法を用いて計算を行っていたが、その計算の過程で本手法が抱える問題点を発見した。前回の発表ではpartial McMDの問題点とその原因について発表を行った。今回の発表では、partial McMDが抱える問題点を解決すべく我々が新たに開発した計算手法、Adaptive Lambda Square Dynamics(ALSD)法について紹介し、本手法を用いたH3ヒストンテールの構造探索計算の結果を発表する。

no abstracts in English

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