生体分子MDの間違い探し

Spotting the difference in the molecular dynamics of the biomolecules

櫻庭 俊; 河野 秀俊

Sakuraba, Shun; Kono, Hidetoshi

生体分子の分子動力学シミュレーションでは、細かな条件(変異, 圧力変化, リガンドの有無)の差異を持たせた複数のシミュレーションを行い、その結果を比較することが多々ある。我々はこのような比較を行うために、Linear Discriminant Analysis(LDA)と呼ばれる手法を利用することを提案する。発表では複数の対象への応用の結果、既存手法との比較などについて述べる。

Upon analyzing molecular dynamics simulation, two or more simulation results are often compared - it is also the case with biomolecular simulations. Comparing the effect of the mutations, pressure change or ligand binding, is the common example of such cases, to name a few. In this presentation we will show that an existing method, called Linear Discriminant Analysis (LDA), is useful for comparing several simulations. Applications and the comparison to the existing methods will be presented.