地球シミュレータにおける大規模データへのPATRAS可視化ソフトウェアの適用

齋 和憲*; 鈴木 喜雄; 荒木 文明*; 上原 均*; 萩野谷 裕文*

計算工学講演会論文集, 8(2), p.761 - 764, 2003/05

地球シミュレータで実行されている大気・海洋シミュレーションから出力される大規模データを可視化するには、既存の可視化方法では解析に支障をきたすことが予想される。そこで、日本原子力研究所計算科学技術推進センター(CCSE/JAERI)と地球シミュレータセンター計算機技術研究開発領域(ESC)の共同研究により、このような大規模データを効率的に可視化するためのツールやアルゴリズムの研究開発を行った。具体的には、これまで CCSEがNECと共同で開発してきた可視化ソフトウェアPATRAS(Parallel Tracking Steering)の地球シミュレータへの実装,並列化による最適化、及び大気・海洋結合シミュレーションへの適用のための改良などを行った。最適化として、画像合成処理,JPEG圧縮処理,等値面生成時のスムージング処理に対する並列化を行うことにより、T106L20(32016020メッシュ)T319L20(96048020メッシュ)規模の大気シミュレーション(AFES)に対して64CPU使用時に約20倍の高速化が達成された。また、複数のシミュレーション結果を連成可視化する処理法を用いることにより、大気・海洋結合シミュレーションの結果を連成して可視化することが可能となった。

MPI-2用ベンチマークプログラムライブラリMBL2の構築と評価

上原 均; 津田 義典*; 横川 三津夫

情報処理学会研究報告2001-HPC-87, 2001(77), p.67 - 72, 2001/07

代表的なメッセージ通信APIであるMPIには、基本仕様としてのMPI-1と、拡張仕様としてのMPI-2がある。MPI-1で定義される関数のベンチマークは幾つか提案されているものの、MPI-2で定義される関数のベンチマークプログラムは少なく、その計測項目も限られている。そこでわれわれはMPI-2の、特に並列I/O(MPI-I/O)と片側通信(RMA)の性能を詳細に測定する MPI Benchmark program Library for MPI-2(MBL2)を構築した。本稿ではMBL2概要と幾つかの計算機のMPI-2性能データを報告する。

MPIベンチマークプログラムライブラリの開発

上原 均

JAERI-Data/Code 2001-010, 41 Pages, 2001/03

JAERI-Data-Code-2001-010.pdf:2.67MB

大規模な数値シミュレーションの実現や数値シミュレーションの高速実行のために、メッセージ通信を用いた分散並列プログラムが開発されている。このメッセージ通信のプログラム仕様として最も主要なものがMPIであり、メッセージ通信を用いた通信部分の性能は、分散並列プログラム全体の性能に直接的に影響する。このMPIは、現在開発中の地球シミュレータ上でも利用が予定されている。このため、MPIの通信性能を詳細に測定し、かつ移植性の高いベンチマークプログラムライブラリ(MPI benchmark program library, 以降MBLと略記)を開発した。MBLでは、ユーザの使用頻度の高い1対1送信関数/集合通信関数の性能測定と、実際のアプリケーションに頻繁に見られる通信パターン時の性能測定を行う。本報告では、このMBLの詳細と、MBLによるNEC SX-4上でのMPIの性能計測結果を示す。