ERmod; Fast and versatile computation software for solvation free energy with approximate theory of solutions

櫻庭 俊; 松林 伸幸*

Journal of Computational Chemistry, 35(21), p.1592 - 1608, 2014/08

https://doi.org/10.1002/jcc.23651

ERmodはエネルギー表示法に基づく、効率よく溶媒和自由エネルギーを近似計算するソフトウェアである。溶液系・参照溶媒系の2状態での分子シミュレーションのみから、溶媒和自由エネルギーを計算することが可能である。ERmodのサブプログラムであるは溶質溶媒間相互作用エネルギーの分布関数を計算し、別のサブプログラムであるは溶媒和自由エネルギーを分布関数から溶液の近似汎関数理論に従い計算する。本論文ではERmodの設計と実装について記述し、またそのパフォーマンスを2つの有機分子と2つのタンパク質を溶質とする系について示す。ERmodの利用範囲は幅広く、均一溶媒系である流体やポリマーのみならず、ミセルや脂質膜系などのナノ不均一系まで適用可能である。ERmodはにて公開されている。