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岡崎 伸生; 安達 基泰; 玉田 太郎; 栗原 和男; 大賀 拓史*; 神谷 信夫*; 倉光 成紀*; 黒木 良太
Acta Crystallographica Section F, 68(1), p.49 - 52, 2012/01
被引用回数:2 パーセンタイル:32.79(Biochemical Research Methods)ADP-ribose pyrophosphatase-I from HB8 (ADPRase-I) prevents the intracellular accumulation of ADP-ribose by hydrolyzing it to AMP and ribose 5'-phosphate. To understand the catalytic mechanism of ADPRase-I, it is necessary to investigate the role of glutamates and metal ions as well as the coordination of water molecules located at the active site. A macroseeding method was developed in order to obtain a large ADPRase-I crystal which was suitable for a neutron diffraction study to provide structural information. Neutron and X-ray diffraction experiments were performed at room temperature using the same crystal. The crystal diffracted to 2.1 and 1.5 resolution in the neutron and X-ray diffraction experiments, respectively. The crystal belonged to the primitive space group 321, with unit-cell parameters = = 50.7, = 119 .
岡崎 伸生; 安達 基泰; 大原 高志; 玉田 太郎; 栗原 和男; 大賀 拓史*; 神谷 信夫*; 倉光 成紀*; 黒木 良太
no journal, ,
ADPリボースピロリン酸分解酵素(ADPRase)はNudixファミリーに属し、2価金属イオンの存在下でADPリボース(ADPR)をAMP及びリン酸化リボースに分解する。これにより細胞内に有毒な二リン酸化ヌクレオシド誘導体の蓄積を防ぐ。ADPRaseはADPRに対する高い選択性を持つADPRase-Iと低い選択性のIIに分類され、好熱菌 HB8由来のADPRase-I及び-IIの結晶構造が明らかにされている。報告されているADPRase-IのX線結晶構造において、活性に関与する残基(Glu)のカルボキシル基のプロトン化の状態は明らかではなかった。われわれは上記を含む水素原子の状態を明らかにするため、pD 5.3の環境で HB8由来ADPRase-Iの2.52.51.5mmの大型結晶を作成、2.1分解能の中性子回折データ及び1.5のX線回折データを取得し、joint-refinementにより1122個の水素原子及び479個の重水素原子,112個の水分子を含む立体構造を明らかにした。