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論文

Draft genome sequence of ${it Bacillus alcalophilus}$ AV1934, a classic alkaliphile isolated from human feces in 1934

Attie, O.*; Jayaprakash, A.*; Shah, H.*; Paulsen, I. T.*; 守野 正人*; 高橋 優嘉*; 鳴海 一成*; Sachidanandam, R.*; 佐藤 勝也; 伊藤 政博*; et al.

Genome Announcements (Internet), 2(6), p.e01175-14_1 - e01175-14_2, 2014/11

https://doi.org/10.1128/genomeA.01175-14

The alkaliphilic bacterium ${it Bacillus alcalophilus}$ AV1934, isolated from human feces, recent has indicated novel potassium ion coupling to motility in this extremophile. We report draft sequences that will facilitate an examination of whether that coupling is part of a larger cycle of potassium ion-coupled transporters. This draft genome has 4,095 predicted genes and 4,063 predicted proteins. The whole-genome shotgun project has been deposited in Genbank under the accession no. ALPT02000000. In addition to the ${it mot}$ genes encoding the MotPS channel that uses either potassium or sodium coupling, two loci encoding multisubunit Mrp-type antiporters, were found. The ${it B. alcalophilus}$ AV1934 genome reveals no tripartite ATP-independent (TRAP-T family) uptake systems, a major sodium-coupled complement in the other two alkaliphiles. The ${it B. alcalophilus}$ AV1934 genomic data will enable us to test the hypothesis of a major role of potassium in ion coupling in this extremophile.

論文

Draft genome sequence of calcium-dependent ${it Paenibacillus}$ sp. strain TCA20, isolated from a hot spring containing a high concentration of calcium ions

藤浪 俊*; 武田 喜代子*; 小野寺 威文*; 佐藤 勝也; 佐野 元彦*; 高橋 優嘉*; 鳴海 一成*; 伊藤 政博*

Genome Announcements (Internet), 2(5), p.e00866-14_1 - e00866-14_2, 2014/09

https://doi.org/10.1128/genomeA.00866-14

Calcium-dependent ${it Paenibacillus}$ sp. strain TCA20 was isolated from a water sample of a hot spring containing a high concentration of calcium ions. Here, we report the draft genome sequence of this bacterium, which may be the basis for the research of calcium ion homeostasis. The draft genome sequence of ${it Paenibacillus}$ sp. strain TCA20 totals 5,631,463 bp in length and is composed of 33 large contigs ($$>$$ 500 bp) that was deposited at DDBJ/EMBL/Genbank under the accession no. BBIW00000000. The annotation of the draft genome sequence shows that ${it Paenibacillus}$ sp. strain TCA20 has a calcium-specific calcium/proton antiporter, ChaA, and a P-type calcium-transporting ATPase, YloB, was identified as calcium transporters. These transporters may also be important for the growth of ${it Paenibacillus}$ sp. strain TCA20 under the high concentration of calcium ions.

口頭

カルシウム含有量が高い弱アルカリ温泉から分離された${it Paenibacillus}$ sp. TCA20株の生理化学的性質とゲノム解析

今澤 陸*; 藤浪 俊*; 高橋 優嘉*; 佐藤 勝也; 鳴海 一成*; 伊藤 政博*

no journal, , 

細胞の生育に大きく関与するCa$$^{2+}$$は、細胞内でその濃度が厳密に調節されている。しかし、原核生物の細胞内Ca$$^{2+}$$濃度の調節機構については、未だ不明な点が多い。本研究では、カルシウム含有量が高い弱アルカリ性温泉地から分離されたCa$$^{2+}$$を生育に要求する${it Paenibacillus}$ sp. TCA20株を用いて、細胞内外のCa$$^{2+}$$サイクルの詳細を理解するために、ゲノム解析を行った。その結果、Ca$$^{2+}$$/H$$^{+}$$アンチポーターをコードする${it chaA}$遺伝子およびP型Ca$$^{2+}$$-ATPaseをコードする${it yloB}$遺伝子のホモログを持つことから、これらの遺伝子群がCa$$^{2+}$$サイクルや生育に重要である可能性が示唆された。

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