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論文

Groundwater $$Elusimicrobia$$ are metabolically diverse compared to gut microbiome $$Elusimicrobia$$ and some have a novel nitrogenase paralog

M$'e$heust, R.*; Castelle, C. J.*; Matheus Carnevali, P. B.*; Farag, I. F.*; He, C.*; Chen, L.-X.*; 天野 由記; Hug, L. A.*; Banfield, J. F.*

ISME Journal, 14(12), p.2907 - 2922, 2020/12

 被引用回数:34 パーセンタイル:94.46(Ecology)

We reconstructed 94 draft-quality, non-redundant genomes from diverse animal-associated and natural environments. Genomes group into 12 clades, 10 of which previously lacked reference genomes. Groundwater-associated $$Elusimicrobia$$ are predicted to be capable of heterotrophic or autotrophic lifestyles, reliant on oxygen or nitrate/nitrite-dependent respiration of fatty acids, or a variety of organic compounds and Rnf-dependent acetogenesis with hydrogen and carbon dioxide as the substrates. Genomes from two clades of groundwater-associated $$Elusimicrobia$$ often encode a new homologous group of nitrogenase-like proteins that co-occur with an extensive suite of radical SAM-based proteins. We identified similar genomic loci in genomes of bacteria from the Gracilibacteria and Myxococcus phyla and predict that the gene clusters reduce a tetrapyrrole, possibly to form a novel cofactor. The animal-associated $$Elusimicrobia$$ clades nest phylogenetically within two groundwater-associated clades. Thus, we propose an evolutionary trajectory in which some $$Elusimicrobia$$ adapted to animal-associated lifestyles from groundwater-associated species via genome reduction.

論文

A New view of the tree of life

Hug, L. A.*; Baker, B. J.*; Anantharaman, K.*; Brown, C. T.*; Probst, A. J.*; Castelle, C. J.*; Butterfield, C. N.*; Hernsdorf, A. W.*; 天野 由記; 伊勢 孝太郎; et al.

Nature Microbiology (Internet), 1(5), p.16048_1 - 16048_6, 2016/05

 被引用回数:1110 パーセンタイル:99.97(Microbiology)

生命の系統樹は生物学において最も重要な中心テーマの一つである。遺伝子調査によると、莫大な数のブランチの存在が示唆されているが、フルスケールに近い系統樹でさえわかりにくいのが現状である。本研究では、これまでに報告されてきた配列情報に加えて、新たに取得した未培養生物のゲノム情報を用いて、バクテリア,アーキア,真核生物を含む系統樹を更新した。系統樹の描写は、全体的な概容とそれぞれの主要な系統における多様性のスナップショットの両方について行った。その結果、バクテリアの多様化の優勢性が示され、培養されていない生物種の重要性とともに主要な放射構造においてそれらの生物種の重要な進化が集中している現象が強調された。

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