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藤崎 弘士*; 志賀 基之; 森次 圭*; 木寺 詔紀*
Journal of Chemical Physics, 139(5), p.054117_1 - 054117_9, 2013/08
被引用回数：13 パーセンタイル：45.06(Chemistry, Physical)分子シミュレーションでは、化学反応やタンパク質の折り畳みなど、構造変化がゆっくりで稀にしか起きない現象の扱い方が議論されている。これまで様々なアプローチが提案されてきたが、本論文では、シミュレーションを効率よく実行する方法の一つを提案する。これは、マルチスケール拡張サンプリング法を一般化し、粗視化された自由度と連動させたLangevin方程式を解くことで、Onsager-Machlup作用に基づいた反応経路計算の効率化を図るものである。この手法を朝倉-大沢相互作用のポリマー模型に応用し、計算効率については遷移経路サンプリング法など従来の方法と比較した結果を報告する。
藤崎 弘士*; 志賀 基之; 木寺 詔紀*
Journal of Chemical Physics, 132(13), p.134101_1 - 134101_8, 2010/04
被引用回数：22 パーセンタイル：59.56(Chemistry, Physical)化学反応に対し、起伏の多いエネルギー面上の複雑な反応経路を探索する方法として、Onsager Machlupの作用をもとにした新たなサンプリング法を提案する。また、推測した経路の初期値でトラップされてしまうことを防ぐために有効な手段として、レプリカ交換法と組合せる。簡単な二次元のモデル系に適用することを通して、この方法の原理とアルゴリズムの実証を行う。
