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論文

Methanotrophic ${it Methanoperedens}$ archaea host diverse and interacting extrachromosomal elements

Shi, L.-D.*; West-Roberts, J.*; Schoelmerich, M. C.*; Penev, P. I.*; Chen, L.-X.*; 天野 由記; Lei, S.*; Sachdeva, R.*; Banfield, J. F.*

Nature Microbiology (Internet), 9(9), p.2422 - 2433, 2024/09

https://doi.org/10.1038/s41564-024-01740-8
 被引用回数：1 パーセンタイル：39.49(Microbiology)

Methane emissions that contribute to climate change can be mitigated by anaerobic methane-oxidizing archaea such as ${it Methanoperedens}$. Some ${it Methanoperedens}$ have huge extrachromosomal genetic elements (ECEs) called Borgs that may modulate their activity, yet the broader diversity of ${it Methanoperedens}$ ECEs is little studied. Here, we report small enigmatic linear ECEs, circular viruses and unclassified ECEs, that we predict replicate within ${it Methanoperedens}$. The linear ECEs have features such as inverted terminal repeats, pervasive tandem repeats, and coding patterns that are strongly reminiscent of Borgs, but they are only 52 kb to 145 kb in length. They share proteins with Borgs and ${it Methanoperedens}$. Thus, we refer to them as mini-Borgs. Mini-Borgs are genetically diverse and we assign them to at least five family-level groups. We also identify eight novel families of ${it Methanoperedens}$ viruses, some of which encode multiheme cytochromes, and unclassified circular ECEs that encode TnpB genes. A population-heterogeneous CRISPR array is encoded in close proximity to TnpB and has spacers that target other ${it Methanoperedens}$ ECEs including previously reported plasmids. The diverse groups of ECEs exchange genetic information with each other and with ${it Methanoperedens}$, likely impacting the activity and evolution of these environmentally important archaea.

論文

$$B(E2;2^+_1rightarrow 0^+_1)$$ value in $$^{90}$$Kr

R$'e$gis, J.-M.*; Jolie, J.*; Saed-Samii, N.*; Warr, N.*; Pfeiffer, M.*; Blanc, A.*; Jentschel, M.*; K$"o$ster, U.*; Mutti, P.*; Soldner, T.*; et al.

Physical Review C, 90(6), p.067301_1 - 067301_4, 2014/12

https://doi.org/10.1103/PhysRevC.90.067301
 被引用回数：24 パーセンタイル：79.27(Physics, Nuclear)

A smooth onset of collectivity in $$^{88,92,94,96}$$Kr has been determined from reported $$B(E2;2^+_1rightarrow 0^+_1)$$ and E(2$$^+_1$$) values. This is in contrast to the sudden onset in even-even Zr, Mo, and Sr isotopes. Our objective was to complete the systematics by determining the $$B(E2;2^+_1rightarrow 0^+_1)$$ value in $$^{90}$$Kr, which was produced by cold-neutron-induced fission of $$^{235}$$U. The lifetime of the 2$$^+_1$$ state in $$^{90}$$Kr was measured via the electronic $$gamma - gamma$$ timing technique using the EXILL and FATIMA spectrometers. Based on the measured mean lifetime of $$tau$$ = 15(10) ps, the $$B(E2;2^+_1rightarrow 0^+_1)$$ value of 13$$^{+26}_{-5}$$ W.u. in $$^{90}$$Kr is determined for the first time and the smooth onset of deformation in the even-even Kr isotopes beyond neutron number N=50 is confirmed.

論文

Bacterial production of organic acids enhances H$$_{2}$$O$$_{2}$$-dependent iodide oxidation

Li, H.-P.*; Yeager, C. M.*; Brinkmeyer, R.*; Zhang, S.*; Ho, Y.-F.*; Xu, C.*; Jones, W. L.*; Schwehr, K. A.*; 乙坂 重嘉; Roberts, K. A.*; et al.

Environmental Science & Technology, 46(9), p.4837 - 4844, 2012/03

https://doi.org/10.1021/es203683v
 被引用回数：58 パーセンタイル：78.99(Engineering, Environmental)

微生物活動が土壌-地下水間の$$^{129}$$I輸送に与える役割を理解するため、米国サバナリバーサイト(SRS)核施設のF地域から単離した天然由来のバクテリアについて、ヨウ素酸化機構について議論した。多くの種類のバクテリアについて、有機ヨウ素の主な前駆物質である三ヨウ化物イオンの液体培地中での生成率を観察したところ、その濃度は過酸化水素(H$$_{2}$$O$$_{2}$$)の存在により2倍から10倍に高められることが確認された。さらに、液体培地中のペルオキシダーゼ活性及び有機酸濃度の時間変化から、(1)微生物によって排泄される有機酸とH$$_{2}$$O$$_{2}$$との反応により、酸化剤過酸化カルボキシル酸が生成することと、(2)有機酸の排泄に伴い培地中のpHが低下すること、の2つの機構がヨウ素の酸化を促進させうることが示唆された。

論文

New features in the computational infrastructure for nuclear astrophysics

Smith, M. S.*; Lingerfelt, E. J.*; Scott, J. P.*; Nesaraja, C. D.*; Chae, K.*; 小浦 寛之; Roberts, L. F.*; Hix, W. R.*; Bardayan, D. W.*; Blackmon, J. C.*

Proceedings of Science (Internet), 28, p.180_1 - 180_5, 2010/12

https://doi.org/10.22323/1.028.0180

「天体核物理のためのコンピュータインフラストラクチャー」は、これまで天体物理シミュレーションにおける最新の核物理データの包含を能率化するように開発された。この「インフラストラクチャー」はnucastrodata.orgで自由にオンライン利用可能なコンピュータコードの集まりで、プラットホームに依存しないように構成されている。今回、原子核質量模型の可視化ツールにおいて反応・崩壊Q値、安定核種、魔法数、r過程経路などの表示/非表示など、新しい機能を追加し、利便性をより高めた。

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