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論文

Normal-mode analysis of circular DNA at the base-pair level, 1; Comparison of computed motions with the predicted behavior of an ideal elastic rod

松本淳; Tobias, I.*; Olson, W. K.*

Journal of Chemical Theory and Computation, 1(1), p.117 - 129, 2005/01

https://doi.org/10.1021/ct049950r

被引用回数：11 パーセンタイル：35.72(Chemistry, Physical)

著者らは、すでに数百塩基対からなる線形のDNAの低振動モードを研究する手法を開発している。ここでは、拘束条件を加え、さらにエネルギー極小化のステップを加えることにより、空間的に制約の加わった二重らせんDNAの立体構造の動的構造の解析を行えるようにした。最初の応用として、平衡状態でまっすぐなDNAの両端をつないで環状にして、その環状DNAの動的構造の解析を行った。

論文

Normal-mode analysis of circular DNA at the base-pair level, 2; Large-scale configurational transformation of a naturally curved molecule

松本淳; Tobias, I.*; Olson, W. K.*

Journal of Chemical Theory and Computation, 1(1), p.130 - 142, 2005/01

https://doi.org/10.1021/ct049949s

被引用回数：9 パーセンタイル：30.02(Chemistry, Physical)

著者らは、平衡状態で曲がっているDNAを用いて環状構造を作り、その動的構造の解析を行った。このような環状DNAは、まっすぐなDNAから作られた環状DNAよりも構造変化がより容易に起こされることが示された。また環状DNAでは、ねじれのエネルギーが蓄積されると、大規模な構造変化を起こし、8の字型の構造になる。基準振動解析とエネルギー極小化を用いることにより、環状から8の字型への構造変化の行程を明らかにすることができた。