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論文

Crystallization of a 2:2 complex of Granulocyte-Colony Stimulating Factor (GCSF) with the ligand-binding region of the GCSF receptor

本庄 栄二郎; 玉田 太郎; 前田 宜丈*; 小柴 琢己*; 松倉 康子*; 岡本 智之*; 石橋 松二郎*; 徳永 正雄*; 黒木 良太

Acta Crystallographica Section F, 61(8), p.788 - 790, 2005/08

 被引用回数:7 パーセンタイル:54.20(Biochemical Research Methods)

顆粒球刺激因子(GCSF)受容体は顆粒球前駆体の分化や増殖を調節する刺激を細胞内へ伝える。その受容体のリガンド結合部位とGCSFの2:2複合体の結晶化を行った。結晶は1.0Mギ酸ナトリウムを含む0.1M酢酸緩衝液(pH4.6)の条件で結晶化した。空間群は${it P}$4$$_{1}$$2$$_{1}$$2(もしくは${it P}$4$$_{3}$$2$$_{1}$$2)で、セル長は${it a}$=${it b}$=110.1$AA , {it c}$=331.8$AA $であった。しかしながら5$AA $以上の回折データが収集できなかったことから、受容体を陰イオン交換クロマトグラフィーで精製し、再度結晶化を試みた。その結果、3$AA $以上の回折データが収集可能な新たな晶形の結晶が得られた。その結晶の空間群は${it P}$3$$_{1}$$21(or its enantiomorph ${it P}$3$$_{2}$$21)で、セル長は${it a}$=${it b}$=134.8, ${it c}$=105.7$AA $であった。

報告書

grasp92によるHe原子基底状態Dirac-Coulombエネルギーの高精度計算手順

内海 隆行*; 佐々木 明

JAERI-Data/Code 2000-003, p.30 - 0, 2000/02

JAERI-Data-Code-2000-003.pdf:1.16MB

grasp92コードは、多電子配位原子の相対論的波動関数をMulti-configuration Dirac-Fock(MCDF)法で解く公開されたプログラムであり、原子特性計算に広く利用されている。grasp92コードはプログラムの集合体であり、genisoによる原子特性値(ISO)ファイルの生成、gencslによるコンフィギュレーション状態関数(CSF)ファイルの生成、genmcpによる角運動量結合係数(MCP)ファイルの生成、erwfによる動径成分波動関数(RWF)の初期推定計算、rscf92による平均エネルギーレベル(AL)計算、rci92によるコンフィギュレーション相関(CI)計算、oscl92による振動子強度計算については計算手順も明確であり、数値的に安定な計算を実行することができる。しかし、高精度計算の中心的役割を果たすrscf92による最適エネルギーレベル(OL)計算では、計算手順の自由度の高さから明確な手順が存在せず、しばしば数値不安定性を伴い高精度計算への障害となっている。このことから、本報告ではHe原子基底状態を例にとり数値安定的なEOL計算の手順の基本指針を示す。

論文

自由界面を含む多相流の直接数値解析法

功刀 資彰

日本機械学会論文集,B, 63(609), p.88 - 96, 1997/05

本研究は、VOF(Volume of Fluid)法の特徴である質量の完全な保存性を保ちつつ、その欠点である界面こう配輸送の不正確性を克服する新しい流体率輸送法を開発し、最終的には相変化を伴う固体・液体・気体の混在する多相熱流体の統一的直接解析手法の構築を目指している。本報告では、表面張力モデルの取り扱い及び新しく開発した「界面こう配を考慮した界面輸送法」を含む多相流の直接解析手法MARS(Multi-interface Advection and Reconstruction Solver)の概要を述べるとともに、解析例として、2次元気泡塔下部オリフィスから連続的に発生する気泡及び発生した気泡同士の合一挙動、3次元気泡塔内における2つの気泡の合一挙動及び2次元容器内における沸騰・凝縮挙動シミュレーションを示す。

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