Thymine glycol and 8-oxoguanine lesioned DNA-structural and energetical changes as onset of enzymatic recognition and repair; Large scale MD simulations of biomolecules

Pinak, M.; 根本 利之*

Proceedings of International Conference on Supercomputing in Nuclear Applications (SNA 2003) (CD-ROM), 15 Pages, 2003/00

われわれは、DNA分子上に生じる酸化損傷部位の修復酵素による特異的認識の機構を解明することを目的に、分子動力学(MD)的研究を進めている。酵素による損傷部位の認識、及びDNAと酵素タンパク質の安定な複合体の形成はそれに続く損傷部位修復プロセスを開始するために必須の条件である。これらの研究を遂行するために、チミングリコールと8-オキソグアニンという2種類のDNA損傷に注目し、MDシミュレーションプログラム,AMBER5.0及びAMBER7.0を用い、数百ピコセカンドのオーダーでシミュレーションを行った。なお、上述のような大規模な系を扱えるように、AMBERのプログラムを一部変更しベクトル化した。また、シミュレーションは、FUJITSU VPP5000/64(ベクトル並列処理型HITACHI SR8000及びFUJITSU PRIMEPOWER:並列処理型)の各スーパーコンピュー上で行った。

直接シミュレーション・モンテカルロ法による希薄流れ解析コードの高速化

渡辺 健二*; 横川 三津夫; 山本 浩康; 蕪木 英雄

JAERI-M 90-192, 32 Pages, 1990/11

JAERI-M-90-192.pdf:0.78MB

本報告書は、直接シミュレーション・モンテカルロ法(DSMC法)による希薄流れ解析コードの高速化について述べる。一般に、DSMC法を用いたコードはベクトル化が困難であると言われている。ここでは、DSMC法を用いて希薄気体から連続体に近い流れのベクトル計算機での高速シミュレーションを目的として、ベクトル化のための数値処理法を検討し、コードの最適化を図った。この結果、フリージェット流の解析において、FACOM VP-100でのベクトル化コードのベクトル・モードでの処理時間は、オリジナルコードのスカラ・モードでの処理時間に対し、1/25以上に短縮された。

DOT3.5コードのベクトル化; DOT3.5NEA版,DOT3.5FNS版,DOT3.5炉設計版,RADHEAT-V4,DOT-DD

野々宮 厳*; 石黒 美佐子; 筒井 恒夫

JAERI-M 90-108, 77 Pages, 1990/07

JAERI-M-90-108.pdf:1.85MB

本報告は、Sn法による2次元放射線輸送コードDOT3.5のベクトル化について述べる。対象としたコードは、ORNLで開発されたオリジナル版だけでなく日本原子力研究所内で実際に用いられているDOT3.5の改良版であるDOT3.5コードFNS版、DOT3.5コード炉設計版、RADHEAT-V4システムESPRITモジュールについてもベクトル化を行なった。さらにDOT3.5コードFNS版とDOT3.5のDDX版であるDOT-DDコードに対して入出力処理の高速化を実施した。ベクトル化版のオリジナル版に対する性能向上は、DOT3.5コードで1.7~1.9倍、DOT3.5FNS版で2.2~2.3倍、DOT3.5炉設計版で1.7倍、RADHEAT-V4システムで3.1~4.4倍である。また、入出力処理高速化版のオリジナル版に対する経過時間は、DOT3.5FNS版及びDOT-DDコードで50%~65%に減少した。