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Molecular dynamics simulation of damaged DNA's and repair enzymes

損傷DNAと修復酵素の分子動力学シミュレーション

Pinak, M.

Pinak, M.

放射線による損傷DNAの分子動力学(MD)による研究について、修復酵素による損傷の適切な認識という観点から発表を行う。ピリミジン塩基損傷(シトシンラジカル,チミンダイマー: TD,チミングリコール: TG)とプリン損傷(8-オキソグアニン: 8-OH-G)について数百ピコ秒間のMDシミュレーションを行った。その結果、いずれの場合にも、以下に示すような明確なDNA二重らせん構造の変化が観測された。(1)塩基対間の水素結合が崩壊し、二重らせんが開く(シトシンラジカル、8-OH-G),(2)損傷部分でDNAが折れ曲がる(TD、TG),(3)損傷部分と相補的な鎖からアデニンがらせんの外側にはじき出される(8-OH-G)。これらの構造の変化に加えて、損傷部位に特異的な静電エネルギーの変化が求められた。

no abstracts in English

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