Electrostatic energy analysis of 8-oxoguanine DNA lesion; Molecular dynamics study

8-オキソグアニン損傷を持つDNAの静電エネルギー解析; 分子動力学法を用いた研究

Pinak, M.

Pinak, M.

30塩基対からなる2種類のDNA(8-オキソグアニン損傷を持つDNA及び持たないDNA)に関して、1ナノ秒の分子動力学シミュレーションを実施した。特に、静電エネルギーに焦点を絞った解析を行った。DNAの静電エネルギー変化は立体構造を崩壊させる重要な要因であると考えられるとともに、損傷の存在を修復酵素に知らせるシグナルとしての役目を果たすことも予想されている。本論文では、これらの機構に関する詳細な解析結果を示す。

One nanosecond molecular dynamics (MD) simulation was performed for two DNA segments each composed of 30 base pairs. The analysis of results was focused on the electrostatic energy that is supposed to be significant factor causing the disruption of DNA base stacking in DNA duplex and may also to serve as a signal toward the repair enzyme informing on the presence of the lesion. This electrostatic potential may signal presence of the lesion to the repair enzyme.