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ITBLを用いた並列分子動力学シミュレーション

Parallel molecular-dynamics simulation on ITBL

清水 大志; 門吉 朋子; 蕪木 英雄; 山岸 信寛*; 長谷川 幸弘*; 樋口 健二

Shimizu, Futoshi; Kadoyoshi, Tomoko; Kaburaki, Hideo; Yamagishi, Nobuhiro*; Hasegawa, Yukihiro*; Higuchi, Kenji

長時間計算が必要となるシミュレーションを分割する際の一連のリスタート処理について、ネットワーク上に分散した計算機群から利用可能な計算機を自動的に割り当てて実行する分散並列MDシミュレーション環境を構築した。約40万原子のシミュレーションでは、並列分子動力学ステンシルによるシミュレーションプログラムの可搬性とITBLの並列分散プログラム実行環境を組み合わせることにより、効率の良いシミュレーション計算の実行に非常に有効であることが確認された。

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