A Severe artifact in simulation of liquid water using a long cut-off length; Appearance of a strange layer structure

シミュレーションでカットオフ距離を長くした場合に現れるアーティファクトについて

米谷 佳晃

Yonetani, Yoshiteru

18の長いカットオフ距離を用いて水の分子動力学シミュレーションを行ったところ、水の挙動に著しいアーティファクトが現れた。この結果から、カットオフ距離の増加によりシミュレーション結果が改善されるとは限らないことが判明した。さらに、これまでに長いカットオフ距離を用いて行われてきた水を含む生体分子系のシミュレーションにも予想外に大きいアーティファクトが存在していた可能性が示唆されている。

We report that a severe artifact appeared in molecular dynamics simulation of bulk water using the long cut-off length 18 AA ; Our result shows that increasing the cut-off length does not always improve the simulation result. Moreover, the use of the long cut-off length can lead to a spurious result. It is suggested that the simulation of solvated biomolecules using such a long cut-off length, which has been often performed, may contain an unexpected artifact.