Computational study of hydration at the TD damaged site of DNA in complex with repair enzyme T4 Endonuclease V

チミンダイマー損傷DNAと修復酵素T4 Endonuclease Vの複合体周辺の水和に関する分子動力学計算による研究

Pinak, M.

Pinak, M.

チミンダイマー(TD)損傷部分を修復酵素T4 Endonuclease Vが適切に認識する過程で、DNA周辺の水分子の分布が果たす役割に関する解析を行った。損傷のない12塩基対DNA、TDを持つ12塩基対DNA、並びにDNAとT4 Endonuclease Vの一部との複合体を対象として、500psの間の分子動力学計算を実施した。DNA原子に隣接した水の数及び滞留時間を調べた。TD損傷がある場合、損傷のないDNAに比べ、TD付近の水分子の数の増加が観察された。TDの周囲の水分子が密集した領域は、修復酵素によるTD認識要因の一つになると考えられる。複合体付近では水の滞留時間が長いことがわかった。また、TDと活性中心との間の安定位置を6つの水分子が占めていることを発見した。修復過程の開始に必要な複合体の安定性維持に、これらの水分子が介在した水素結合ネットワークが貢献していると考えられる。

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