BAAQ; An Infrastructure for application integration and knowledge discovery in bioinformatics

BAAQ; バイオインフォマティクスにおける知識発見のための基盤技術

Gong, X.*; 中村 建介; 由良 敬; 郷 信広

Gong, X.*; Nakamura, Kensuke; Yura, Kei; Go, Nobuhiro

グリッドコンピューティングの出現により、バイオインフォマティクスで普通に用いられる公共データベース,解析ツール及びワークフローを共有しながら研究をすることが可能となってきている。しかし、バイオインフォマティクス研究者にとっては、グリッドアプリケーションはまだまだ困難である。ここでは、バイオインフォマティクス解析をグリッド上で可能とするシステム(BAAQ)を紹介し、公共データベースと解析ツール及びワークフローの共有化の可能性を議論する。特にワークフローの簡単な構築方法と、今までに構築したワークフローの中からどのようにして必要なワークフローを検索するかを示す。そのうえで実問題への適用例を示す。

The emerging grid computing technologies enable bioinformatics scientists to conduct their researches in a virtual laboratory. However, the development of grid applications is still a nightmare for general bioinformatics scientists, due to the lack of grid programming environments. Here, we present a system, which we named Bioinformatics: Ask Any Questions (BAAQ), to automate this development procedure as much as possible. BAAQ allows scientists to store and manage remote biological data and programs, to build analysis workflows that integrate these resources seamlessly, and to discover knowledge from available resources. This paper addresses two issues in building grid applications in bioinformatics: how to smoothly compose an analysis workflow using heterogeneous resources and how to efficiently discover and re-use available resources in the grid community. Correspondingly an intelligent grid programming environment and an active solution recommendation service are proposed.