coliSNP database server mapping nsSNPs on protein structures

タンパク質の立体構造にnsSNPをマッピングしたデータベースサーバ, coliSNP

河野 秀俊; 湯浅 智*; 西上 慎哉*; 由良 敬

Kono, Hidetoshi; Yuasa, Tomo*; Nishiue, Shinya*; Yura, Kei

DNAの一塩基置換多型(SNP)は、薬剤耐性に対する個体差の要因などとして注目されている。しかし、それが与える影響を分子レベルで解き明かす研究は進んでいない。われわれは、SNPのうち、タンパク質のアミノ酸配列を変えるnsSNPが、タンパク質の立体構造上、どこの部分に影響を与えるのかグラフィカルに表示したデータベースを開発した。可能な限り自動化されているので、今後ますます増えていくデータに対しても、週に一度のペースでデータベースを更新できる。また、幾つかのタンパク質について、アミノ酸置換とタンパク質の機能影響の関係を調べ、70%以上タンパク質内部に埋もれているアミノ酸残基の置換はタンパク質の機能に影響を与える確率が非常に高いことを示した。

We have developed coliSNP, a database server (http://yayoi.kansai.jaea.go.jp/colisnp) that maps non-synonymous single nucleotide polymorphisms (nsSNPs) on the three-dimensional (3D) structure of proteins. Once a week, the SNP data from the dbSNP database and the protein structure data from the Protein Data Bank (PDB) are downloaded, and the correspondence of the two data sets is automatically tabulated in the coliSNP database. Given an amino acid sequence, protein name or PDB ID, the server will immediately provide known nsSNP information, including the amino acid mutation caused by the nsSNP, the solvent accessibility, the secondary structure and the flanking residues of the mutated residue in a single page. The position of the nsSNP within the amino acid sequence and on the 3D structure of the protein can also be observed. The database provides key information with which to judge whether an observed nsSNP critically affects protein function and/or stability. As far as we know, this is the only web-based nsSNP database that automatically compiles SNP and protein information in a concise manner.