タンパク質とDNAの結合予測

Prediction of protein-DNA interactions

皿井 明倫*; 河野 秀俊

Sarai, Akinori*; Kono, Hidetoshi

転写因子などのDNA結合タンパク質は、遺伝子の制御に重要な役割を果たしている。タンパク質は、通常複数のDNA配列を認識し複数の遺伝子の発現を制御しているが、タンパク質があるDNAを特異的に認識する機構についてはまだよくわかっていない。したがって、タンパク質とDNAの特異的結合を正確に予測することは容易ではない。また、構造ゲノミクスプロジェクトによって機能未知のタンパク質の立体構造が次々と明らかにされている現在、それらのタンパク質がDNAに結合するかどうか、また結合するならば、どこの部位を使って結合するかといった分子機能を予測することも重要になってきている。本稿ではこれまでに開発されたDNA結合タンパク質の予測方法,結合部位の予測方法,タンパク質の結合塩基配列の予測方法、特にわれわれが開発してきた構造情報を用いる方法について解説し、今後の展望について述べる。

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