Partial multicanonical MDによるH3ヒストンテイルの構造探索

Conformational search of an H3 histone tail by using partial multicanonical MD

池部 仁善

Ikebe, Kimiyoshi

真核生物のDNAはクロマチン構造を形成することで核内にコンパクトに収納されているが、DNA機能発現の際にはこの構造は一時的に解きほぐされる。この構造の解体と再形成のメカニズムは、DNA機能制御において重要であり、クロマチンを構成する要素の一つであるヒストンテイルへの官能基修飾によりコントロールされることが知られている。本研究は、ヒストンテイルの一種であるH3ヒストンテイルの状態を、partial McMDと呼ばれるシミュレーション手法を用いて明らかにし、このメカニズムの解明に挑戦する。今回の発表では、ヒストンテイルの生物学的重要性、partial McMDという計算手法について簡単に説明した後、partial McMDという計算方法が持つ問題点について言及する。

DNA in eukaryotic cells is folded into a compact chromatin structure and stored in a nucleus. However, the chromatin is deformed when the DNA should work. The mechanism of the chromatin de- and re-formation is important for DNA functional regulation and it is noted that it is controlled by chemical modifications to histone tails, which is one of components of a chromatin. In the current study, I try to elucidate the mechanism by reproducing a state of an H3 histone tail, which is a kind of histone tails and has large conformational fluctuation, with a simulation technique, partial McMD. In this presentation, I first introduce about an importance of the histone tail study and partial McMD. Then, we explain a controversial point of partial McMD.