ヌクレオソーム中におけるH3ヒストンテイルの構造探索

Conformational sampling of a H3 histone tail in a nucleosome

池部 仁善; 河野 秀俊

Ikebe, Kimiyoshi; Kono, Hidetoshi

ヌクレオソームのヒストンテイル領域は、クロマチン構造の形成や、ヒストンテイルへの官能基修飾によってDNA機能が制御されるヒストンコード仮説などに深くかかわっていることが知られており、生物学的に重要である。これらの現象のメカニズムを解明するには、ヌクレオソームコア粒子(Nucleosome Core Particle: NCP)と違って特定の安定構造を持たないと考えられる、ヒストンテイルの動態を詳細に調べる必要がある。分子動力学シミュレーションは、このような構造的揺らぎの大きい生体分子の構造変化を原子レベルで解析できる優れた手法であるが、従来の手法では計算資源の問題等から、ヌクレオソームから切り離されたヒストンテイル断片のシミュレーション研究しか行われていなかった。そこで本研究では、われわれが新たに開発した、高い効率でヒストンテイルの安定構造を探索できるadaptive dynamicsという手法を用いて、ヒストンテイル周辺のNCPと溶媒水分子をあらわに計算に取り入れたシミュレーションを行う。本発表では、本計算の途中経過について発表する。

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