天然変性蛋白質の構造探索に適したシミュレーション手法Adaptive Lambda Square Dynamics (ALSD)法の基礎と応用

The Foundation and the application of Adaptive Lambda Square Dynamics (ALSD) simulation for conformational sampling of intrinsically disordered proteins

単体では特定の形を持たず、パートナー分子と結合するときだけ特定の立体構造へと折れ畳まる天然変性蛋白質は、従来のシミュレーション手法でその立体構造を調べることの難しい研究対象である。加えて、天然変性蛋白質は核内に多く存在し、負に荷電した核酸との相互作用を行うために正電荷のアミノ酸を多く含む傾向がある。我々が近年開発した生体高分子の立体構造探索シミュレーション手法、Adaptive Lambda Square Dynamics (ALSD)法は、(1)パートナー分子の構造を壊すことなく天然変性蛋白質の構造探索を行える、(2)天然構造蛋白質と核酸間の静電相互作用による張り付きを抑えて効果的な構造探索を行える、という特徴を持つ。本会議では、ALSD法の基礎と幾つかの応用研究について説明し、同手法を用いた研究を行う際に注意しなければならない問題について解説する。

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使用言語	:	Japanese
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発表会議名	:	第4回天然変性蛋白質計算科学セミナー
開催年月	:	2016/01
開催都市	:	御殿場
開催国	:	日本
キーワード	:	no keyword

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受委託・共同研究相手機関	:	理化学研究所

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登録番号 : BB20152425
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