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論文

A Methodology for estimating localization of apurinic/apyrimidinic sites in DNA using fluorescence resonance energy transfer

赤松憲; 鹿園直哉

Analytical Biochemistry, 433(2), p.171 - 180, 2013/02

https://doi.org/10.1016/j.ab.2012.10.004

被引用回数：5 パーセンタイル：17.98(Biochemical Research Methods)

We have developed a methodology for estimating localization of lesions on double-stranded DNA using fluorescence resonance energy transfer (FRET). We have focused on apurinic/apyrimidinic (AP) sites, which are typical DNA lesions induced by radiation and chemicals, and produced spontaneously under physiological conditions. Donor-acceptor fluorescent probes with -amino groups (AlexaFluor 350-488 dye pair) were used for selectively labeling AP sites. PUC19 plasmid subjected to heat treatment was used as a model double-stranded DNA containing AP sites. The results of both FRET analysis and theoretical study enabled us to prove that AP sites induced by the heat treatment are distributed almost randomly along the DNA molecule. This methodology will be useful for estimating the risk of ionizing radiation and chemicals based on the probability of producing "clustered DNA damage sites", which are considered to be less easily repairable and therefore more harmful to living systems.

論文

Reconstitution of the muscle thin filament from recombinant troponin components and the native thin filaments

松本富美子; 弟子丸俊吾*; 小田俊郎*; 藤原悟

Analytical Biochemistry, 399(2), p.299 - 301, 2010/04

https://doi.org/10.1016/j.ab.2010.01.004

被引用回数：2 パーセンタイル：58.78(Biochemical Research Methods)

天然の筋肉の細いフィラメント及び大腸菌に発現させた組換えトロポニン構成成分から筋肉の細いフィラメントを再構成する技術を開発した。この技術により、pH6.2において20%グルセロール及び0.3M KCl存在下で、再構成されたトロポニン複合体が天然の細いフィラメント中に交換導入される。90%以上の内在トロポニン複合体が組換えトロポニン複合体に交換される。この技術により調製された再構成細いフィラメントの構造及びCa $^{2+}$ 感受性が保持されることが、X線繊維回折測定、並びに、細いフィラメントにより活性化されるミオシンサブフラグメント1のATP分解活性の測定により確認された。

論文

A Novel methodology for characterizing strand-break termini and damaged bases in plasmid DNA exposed to ionizing radiation

赤松憲

Analytical Biochemistry, 362(2), p.229 - 235, 2007/03

https://doi.org/10.1016/j.ab.2006.12.006

被引用回数：4 パーセンタイル：13.53(Biochemical Research Methods)

DNAの放射線損傷の特徴を調べるための新しい方法論を開発した。ヘビ毒ホスホジエステラーゼ(SVPD)と子牛腸アルカリ・ホスファターゼ(CIAP)から成る酵素システムを、鎖切断末端の3'側を調べるのに使用した。この研究では、鎖切断末端を2つのカテゴリー、CIAP非依存的SVPD部位とCIAP依存的SVPDに分けた。前者はSVPDがCIAP処理なしで直接認識できる鎖切断末端であり、後者はSVPDの認識にCIAP処理が必要な鎖切断末端である。SVPDで15分間処理する間に産生された未損傷デオキシヌクレオチドを定量することで放射線化学収率(G値)を見積もることができる。この方法で、Co-60線照射された乾燥DNAの全鎖切断G値は0.1mol/Jであることがわかった。また、CIAP依存的SVPD部位のG値は0.078、CIAP非依存的SVPD部位のそれは0.024と見積もることができた。これらの結果は、生じた鎖切断3'末端'にはリン酸が残りやすいことを示している。