Starting point to molecular design; Efficient automated 3D model builder Key3D

水谷 実穂*; 中村 建介; 市瀬 多鶴子*; 板井 昭子*

Chemical and Pharmaceutical Bulletin, 54(12), p.1680 - 1685, 2006/12

中期計画で推進中のDNA修復システムの解明が進みこれに関与するタンパク質の構造が明らかになった段階で、DNA修復関連タンパク質に作用するような低分子化合物の設計が重要なステップとなると考えられる。こうした創薬デザインにおいて、平面分子式から3次元構造を構築するプロセスは重要である。われわれはディスタンスジオメトリ法とMMFF力場による構造最適化を併せた新しい3次元構造構築プログラムKey3Dを開発した。598の結晶構造によりKey3Dプログラムの高い性能が示された。フレキシブルフィッティングによるテストではKey3Dにより生成した構造の88%が結晶構造に対して十分な精度(RMSD0.6)を示した。これらの結果はKey3Dの分子設計における高い実用性を示している。