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Sequence-dependent conformational energy of DNA derived from molecular dynamics simulations; Toward understanding the indirect readout mechanism in protein-DNA recognition

分子動力学計算によるDNA構造の配列依存性とその構造エネルギー

Ara$'u$zo-Bravo, M. J.*; 藤井 聡*; 河野 秀俊; Ahmad, S.*; 皿井 明倫*

Ara$'u$zo-Bravo, M. J.*; Fujii, Satoshi*; Kono, Hidetoshi; Ahmad, S.*; Sarai, Akinori*

すべてのテトラマー配列(136通り)を12merのDNA配列の真中にもつDNAの分子動力学計算を行い、DNA構造,ダイナミクスの配列依存性を解析した。その結果、ピリミジン-プリンステップを持つ配列は非常に前後の配列の影響を受けやすいことがわかった。また、分子動力学計算から得られた構造アンサンブルから統計ポテンシャルを計算し、簡便にDNAの構造エネルギーを評価できるようにした。

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分野:Chemistry, Multidisciplinary

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