Analysis of sequence-dependent conformation of DNA backbone torsion angles by molecular dynamics simulations

分子動力学計算によるDNAのリン酸骨格構造の配列依存性の解析

藤井 聡*; 河野 秀俊; 竹中 繁織*; 郷 信広; 皿井 明倫*

Fujii, Satoshi*; Kono, Hidetoshi; Takenaka, Shigeori*; Go, Nobuhiro; Sarai, Akinori*

DNAの分子動力学計算を行い、リン酸骨格の構造に注目して解析を行った。リン酸骨格はA型,B型DNA構造を決める指標になっており、蛋白質が結合した構造ではA型構造に構造が変化するDNA配列が知られている。そこで、その構造転移が配列固有の特性によるものかどうか調べるために、DNA配列とリン酸骨格の構造の関係を解析した。その結果、構造転移を起こしやすい配列が存在することがわかった。その配列は既に知られているA型に構造転移する配列をも含んでいた。これらの結果は、DNAの物性自体も蛋白質との相互作用に対する情報を持つことを示す。

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