Characterization of hydrogen bonds in hydration waters of proteins by a database study using HHDB

蛋白質水和水における水素結合のHHDBを用いた統計的分析

Ohara, Takashi; Umino, Hisao; Tamada, Taro; Kuroki, Ryota

蛋白質水和水は蛋白質分子及び隣接する水和水と水素結合ネットワークを形成し、プロトンの授受や運動の制御など蛋白質分子の機能発現に重要な役割を果たしていると考えられている。われわれは蛋白質の中性子構造解析結果を収録した「生体水素水和水データベース(HHDB)」を用い、蛋白質水和水と蛋白質分子中のカルボニル基、及び蛋白質水和水同士の水素結合ネットワークについて水素原子位置も含めた統計的解析を行った。その結果、O-H...O水素結合角が通常とは異なる統計的分布を示すことが明らかとなった。一般的に水素結合におけるX-H...Yの角度は180 $^{circ}$ 近傍が安定とされ、有機低分子化合物や蛋白質分子内の水素結合では160170 $^{circ}$ 付近に数多く分布している。これに対し、本研究における解析では13590 $^{circ}$ のO-H...O角度を持つ水素結合が多数分布していた。この原因について解析を進めたところ、蛋白質水和水が形成する水素結合ネットワーク中において、準安定な水素結合様式とされる"Bifurcated"及び"Inversed"水素結合が幾つも存在することが明らかとなった。

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使用言語	:	English
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発表会議名	:	2nd International Symposium on Diffraction Structural Biology 2007 (ISDSB 2007)
開催年月	:	2007/09
開催都市	:	Tokyo
開催国	:	Japan
キーワード	:	no keyword

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使用施設	:	JRR-3M(研究炉3)
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