並列分子動力学ステンシル; シミュレーションプログラムと並列化プログラムの分離

Parallel molecular-dynamics simulation stencil; A Study on separation of simulation and parallel algorithms

清水 大志 ; 君塚 肇*; 蕪木 英雄

Shimizu, Futoshi; Kimizuka, Hajime*; Kaburaki, Hideo

大規模数値シミュレーションの分野において並列計算は必須の手法となっているが、並列計算機ではプロセッサ間のデータ転送の記述等、逐次計算機では見られなかったプログラム作成の難しさがある。物質、材料、生体などの分野において需要の高い大規模分子動力学法の並列化においてはシミュレーションの計算手法と並列化の手法が密接にかかわるように書かれ、非常に複雑になってしまうことが多い。並列分子動力学ステンシルは、これらを分離することで、見通しの良いシミュレーションプログラムを作成する枠組みを提供するものである。また、この枠組みに沿ってプログラミングを行う際に利用可能な部品をライブラリとして用意した。

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