Free energy landscape for interactions between DNA bases and protein side chains

塩基対とアミノ酸残基側鎖の相互作用の自由エネルギー地形

吉田智喜*; 土井英雄*; 相田美砂子*; 河野秀俊; Kumar, S.*; Gromiha, M. M.*; 皿井明倫*

Yoshida, Tomoki*; Doi, Hideo*; Aida, Misako*; Kono, Hidetoshi; Kumar, S.*; Gromiha, M. M.*; Sarai, Akinori*

蛋白質がどのように配列特異的にDNAに結合するか明らかにするために、20種類のアミノ酸残基と塩基対において、相互作用の自由エネルギー地形を計算した。配列を変えたオリゴDNAをある座標系に固定し、アミノ酸残基をその周囲に配置させ、相互作用エネルギーを計算した。マルチカノニカルモンテカルロ法でアミノ酸残基の位置及び構造を効率的に変えながら、エンタルピー,エントロピー,自由エネルギー地形を描いた。得られた地形は、蛋白質-DNAの複合体構造に見られる相互作用をよく再現した。

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使用言語	:	English
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発表会議名	:	5th East Asian Biophysics Symposium & 44th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
開催年月	:	2006/11
開催都市	:	Ginowan
開催国	:	Japan
キーワード	:	no keyword

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