DNA修復促進タンパク質PprAの構造と機能の推定

Estimation of structure and function of DNA repair promoting protein PprA

由良 敬; 鳴海 一成; 岩崎 憲治*

Yura, Kei; Narumi, Issei; Iwasaki, Kenji*

放射線抵抗性細菌のDNA修復促進タンパク質PprAがどのようにしてDNA2本鎖切断修復を行っているかを明らかにすることを目的に、計算生物学の手法と電子顕微鏡単粒子観測を導入し、PprAタンパク質の立体構造に基づく修復機構の解明研究を行った。その結果、PprAタンパク質が4量体を形成した低分解能像を得ることに成功した。この像から、PprA単量体の構造は両端のおもりの大きさが異なる亜鈴を形成していると推定でき、4量体構造は亜鈴の柄部分が4個並行に樽状に並んでいると推定できた。次に、この構造を手がかりにして計算生物学の手法を駆使し、PprAタンパク質の原子分解能構造の推定を行った。その結果、PprAタンパク質のアミノ酸配列は、データベースにある立体構造中、RecJタンパク質の立体構造に一番よく適合することがわかった。また、PprAタンパク質の立体構造のどの部分でDNAと相互作用するかを推定したところ、亜鈴構造を特徴付ける中央のへリックスにDNAが相互作用することがわかってきた。

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