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Multiscale enhanced path sampling based on the Onsager-Machlup action; Application to a model polymer

Onsager-Machlup作用に基づいたマルチスケール拡張サンプリング法; ポリマー模型への応用

藤崎 弘士*; 志賀 基之; 森次 圭*; 木寺 詔紀*

Fujisaki, Hiroshi*; Shiga, Motoyuki; Moritsugu, Kei*; Kidera, Akinori*

分子シミュレーションでは、化学反応やタンパク質の折り畳みなど、構造変化がゆっくりで稀にしか起きない現象の扱い方が議論されている。これまで様々なアプローチが提案されてきたが、本論文では、シミュレーションを効率よく実行する方法の一つを提案する。これは、マルチスケール拡張サンプリング法を一般化し、粗視化された自由度と連動させたLangevin方程式を解くことで、Onsager-Machlup作用に基づいた反応経路計算の効率化を図るものである。この手法を朝倉-大沢相互作用のポリマー模型に応用し、計算効率については遷移経路サンプリング法など従来の方法と比較した結果を報告する。

We propose a novel path sampling method based on the Onsager-Machlup action by generalizing the multiscale enhanced sampling technique. In this method, the system of interest is coupled to a coarse-grained system, which can move more quickly and computed more efficiently than the original system. We simulate this combined system using Lange in dynamics where different heat baths are coupled to the two systems. We apply this method to a model polymer with Asakura-Osawa interaction, and compare the results with the conventional transition path sampling method.

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InCites™

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パーセンタイル:55.44

分野:Chemistry, Physical

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