Effects of Abasic site and 8oxoG lesions on DNA molecule

塩基脱落部位と8オキソグアニン損傷を含むクラスターDNA損傷における単独の損傷残基の影響

樋口 真理子; Pinak, M.; 斎藤 公明  

Higuchi, Mariko; Pinak, M.; Saito, Kimiaki

8オキソグアニンと塩基脱落部位を含むクラスターDNA損傷は、酵素による修復が阻害される一つの例である。2ナノ秒の分子動力学シミュレーションを行い、クラスターDNA損傷において、塩基脱落部位は8オキソグアニンよりも大きな影響をDNA構造変化に及ぼすことがわかった。クラスターDNA損傷はおもに塩基脱落部位において曲がった構造をとる。8オキソグアニンと塩基脱落部位を含むクラスターDNA損傷の曲がる方向は、8オキソグアニン単独の損傷を持つDNAとは異なっている。これらの変化はDNA修復酵素の働きに影響を与えると考えられる。

The cluster damaged site on DNA consisting of 7,8-dihydro-8-oxoguanine (8oxoG) and apurinic/apyrimidinic (AP) site is one example of damage that inhibits enzymatic repair. The 2 nanosecond molecular dynamics simulation revealed that the effect of AP site was lager than it of 8oxoG in multiple damaged DNA. The multiple damaged DNA was bent mainly at AP site. Bending direction of multiple damaged DNA including AP site and 8oxoG was different from that at the lesion site of single 8oxoG damaged DNA. These changes may have an influence on the effectiveness of enzymatic repair.